pubmed-linker
This skill should be used when the user asks to "update PubMed links", "check reference links", "find PubMed URLs", "download fulltext papers", or discusses PubMed/Medline literature search and reference management. Provides systematic approach for querying PubMed database and updating reference lists with accurate links.
SKILL.md
| Name | pubmed-linker |
| Description | This skill should be used when the user asks to "update PubMed links", "check reference links", "find PubMed URLs", "download fulltext papers", or discusses PubMed/Medline literature search and reference management. Provides systematic approach for querying PubMed database and updating reference lists with accurate links. |
AI Skills Pool
这是一个个人 AI 编程工具技能(Skills)和配置的集合仓库。旨在模块化管理不同的 AI 辅助能力,方便按需部署到不同的开发项目中。
目前支持四个平台:Claude Code(skills.claude/)、OpenAI Codex(skills.codex/)、Gemini CLI(skills.gemini/)和 Cursor(.cursor/rules/)。
📁 目录结构
.
├── LICENSE
├── README.md
├── CLAUDE.md # Claude Code 开发规范元文档(本仓库自身)
├── docs/ # 参考文档(不参与脚手架执行)
│ └── inspector/ # Inspector 设计与场景说明
│ ├── INSPECTOR-CROSS-PLATFORM.md
│ ├── INSPECTOR-SCENARIO-WALKTHROUGH.md
│ └── README.md
│
├── skills.claude/ # Claude Code 技能池(单技能独立部署)
│ ├── ai-spec/ # [编程策略] 将需求转为技术规范
│ ├── api-first-modular/ # [架构框架] API-First 模块化开发
│ ├── code-debugger/ # [调试开发] 上下文优先的精准调试与增量开发
│ ├── debug-ui/ # [UI设计] 顶级 UI 设计师模式
│ ├── dr-midas/ # [科研] 科研炼金术士,图表分析与叙事
│ ├── extract/ # [知识提取] 从内容抽提研究方法论框架
│ ├── paper-submission-manager/# [投稿管理] 论文投稿全流程管理与材料打包
│ ├── ralph/ # [迭代开发] 基于 PRD 的自主 Agent 循环
│ ├── ref-pubmed-linker/ # [文献] PubMed 引用链接查询与更新(参考实现)
│ ├── research-analyst-system/ # [金融分析] 多 Agent 分析师团队
│ ├── sam-dev-cc-init/ # [工作流] PDCA 项目初始化(/sam-init)
│ └── update-pubmed-links/ # [文献] PubMed 链接批量更新(命令变体)
│
├── skills.codex/ # OpenAI Codex 技能池(单技能独立部署)
│ ├── ai-spec/ # [编程策略] 将需求转为技术规范
│ ├── api-first-modular/ # [架构框架] API-First 模块化开发
│ ├── code-debugger/ # [调试开发] 上下文优先的精准调试与增量开发
│ ├── debug-ui/ # [UI设计] 顶级 UI 设计师模式
│ ├── dr-midas/ # [科研] 科研炼金术士,图表分析与叙事
│ ├── extract/ # [知识提取] 从内容抽提研究方法论框架
│ ├── paper-submission-manager/# [投稿管理] 论文投稿全流程管理与材料打包
│ ├── pubmed-linker/ # [文献] PubMed 引用链接查询与更新
│ ├── ralph/ # [迭代开发] 基于 PRD 的自主 Agent 循环
│ └── research-analyst-system/ # [金融分析] 多 Agent 分析师团队
│
├── skills.gemini/ # Gemini CLI 技能池(单技能独立部署)
│ ├── ai-spec/ # [编程策略] 将需求转为技术规范
│ ├── api-first-modular/ # [架构框架] API-First 模块化开发
│ ├── code-debugger/ # [调试开发] 上下文优先的精准调试与增量开发
│ ├── debug-ui/ # [UI设计] 顶级 UI 设计师模式
│ ├── dr-midas/ # [科研] 科研炼金术士,图表分析与叙事
│ ├── extract/ # [知识提取] 从内容抽提研究方法论框架
│ ├── paper-submission-manager/# [投稿管理] 论文投稿全流程管理与材料打包
│ ├── prd/ # [需求文档] 结构化 PRD 生成
│ ├── pubmed-linker/ # [文献] PubMed 引用链接查询与更新
│ ├── ralph/ # [迭代开发] 基于 PRD 的自主 Agent 循环
│ ├── ralph-yolo/ # [迭代开发] Ralph 全自动模式
│ └── research-analyst-system/ # [金融分析] 多 Agent 分析师团队
│
├── package/ # 预打包的脚手架(多技能一体化部署)
│ ├── full-dev-脚手架/ # 全栈开发环境(仅开发技能,无 PDCA/Inspector)
│ │ ├── CLAUDE.md # Claude Code 初始化引导
│ │ ├── AGENTS.md # Codex 初始化引导
│ │ ├── GEMINI.md # Gemini CLI 初始化引导
│ │ ├── .claude/ # Claude Code(7 commands + 7 skills + 3 agents)
│ │ ├── .codex/ # Codex 技能包(5 skills)
│ │ ├── .gemini/ # Gemini CLI 技能包(7 skills)
│ │ └── .cursor/ # Cursor 规则(2 rules)
│ └── full-dev-脚手架-inspector/ # 全栈开发 + PDCA/Inspector(含 /sam-init 与入职看板)
│ ├── CLAUDE.md
│ ├── AGENTS.md
│ ├── GEMINI.md
│ ├── .claude/ # 在 full-dev 基础上增加 sam-init、sam-dev-cc-init 及 PDCA 模板
│ ├── .codex/
│ ├── .gemini/
│ └── .cursor/
│
└── .cursor/ # 本仓库自身的 Cursor 规则
└── rules/
├── api-first-development.mdc
└── project-structure.mdc
📖 参考文档
以下文档仅作阅读与理解用,不参与脚手架或脚本执行:
- docs/inspector/ — Inspector Agent 跨平台架构与场景演示(从入职到专家的完整周期)。部署了 sam-dev-cc-init 或使用 Inspector CLI 时,可在此查阅设计与用法说明。
🚀 使用方法
方式一:单技能部署(按需挑选)
适合只需要特定能力的场景。
Claude Code
- 在
skills.claude/中找到需要的技能目录,例如skills.claude/code-debugger/。 - 将目录下的
.claude/文件夹完整复制到目标项目根目录。- 若项目已有
.claude/目录,合并commands/和skills/子目录(注意不要覆盖已有的settings.json)。
- 若项目已有
- 重启 Claude Code 终端,使用对应的 slash command(如
/debug)激活。
OpenAI Codex
- 在
skills.codex/中找到需要的技能目录,例如skills.codex/code-debugger/。 - 将目录下的
.codex/文件夹完整复制到目标项目根目录。- 若项目已有
.codex/目录,合并skills/子目录。
- 若项目已有
- 在 Codex 中使用
$skill-name(如$code-debugger)激活。
Gemini CLI
- 在
skills.gemini/中找到需要的技能目录,例如skills.gemini/code-debugger/。 - 将目录下的
SKILL.md文件复制到目标项目的.gemini/skills/[skill-name]/目录。- 若目录不存在,创建
.gemini/skills/[skill-name]/后再复制。
- 若目录不存在,创建
- Gemini CLI 会根据任务描述自动匹配并触发对应技能。
方式二:脚手架一键部署(推荐全栈项目使用)
适合需要完整 AI 辅助开发环境的全栈项目,一次部署即可让 Claude Code、Codex、Gemini CLI、Cursor 四个工具同时获得全套开发能力。
两种脚手架如何选:
| 脚手架 | 适用场景 | 区别摘要 |
|---|---|---|
| full-dev-脚手架 | 只要「需求→规范→开发→调试」全流程,不需要项目级 PDCA 与看板 | 仅开发技能:ai-spec、api-first、debug、debug-ui、prd、ralph 等,无 /sam-init |
| full-dev-脚手架-inspector | 需要 PDCA 循环、任务看板、进度日志与 Inspector 入职/专家周期管理 | 在 full-dev 基础上增加 /sam-init、sam-dev-cc-init、PROGRESS-LOG、tasks、self.opt 等,可与 docs/inspector/ 配合使用 |
-
将所选脚手架目录下的内容复制到目标项目根目录(下例以
full-dev-脚手架为例,若选 inspector 则替换为full-dev-脚手架-inspector):# 方法一:完全替换(推荐新项目) cp -r package/full-dev-脚手架/* /path/to/your-project/ cp -r package/full-dev-脚手架/.[a-z]* /path/to/your-project/ # 方法二:增量合并(推荐有存量代码的项目) # 复制文档 cp package/full-dev-脚手架/{CLAUDE,AGENTS,GEMINI}.md /path/to/your-project/ # 创建并复制配置目录内容 mkdir -p /path/to/your-project/.claude cp -r package/full-dev-脚手架/.claude/* /path/to/your-project/.claude/ mkdir -p /path/to/your-project/.codex cp -r package/full-dev-脚手架/.codex/* /path/to/your-project/.codex/ mkdir -p /path/to/your-project/.gemini cp -r package/full-dev-脚手架/.gemini/* /path/to/your-project/.gemini/ mkdir -p /path/to/your-project/.cursor cp -r package/full-dev-脚手架/.cursor/* /path/to/your-project/.cursor/ -
部署后目标项目的结构(若使用 full-dev-脚手架-inspector 还会多出
/sam-init及 PDCA 相关能力):your-project/ ├── CLAUDE.md ← Claude Code 读取,显示可用 commands 和核心规范 ├── AGENTS.md ← Codex 读取,显示可用 skills 和核心约束 ├── GEMINI.md ← Gemini CLI 读取,显示可用 skills 和使用方式 ├── .claude/ ← Claude Code:/ai-spec, /api-first, /debug, /debug-ui, /prd, /ralph, /ralph-yolo(inspector 版另有 /sam-init) ├── .codex/ ← Codex:$ai-spec, $api-first-modular, $code-debugger, $debug-ui, $ralph ├── .gemini/ ← Gemini CLI:ai-spec, api-first-modular, code-debugger, debug-ui, prd, ralph, ralph-yolo ├── .cursor/ ← Cursor:API-First 开发规则自动生效 └── (your code...) -
打开项目后:
- 若使用 full-dev-脚手架-inspector:第一步执行
/sam-init初始化 PDCA 工作流(生成/更新 CLAUDE.md、PROGRESS-LOG.md、tasks/TASKS.md、self.opt)。 - Claude Code:输入
/查看所有可用命令 - Codex:自动根据任务触发对应技能,或使用
$skill-name手动触发 - Gemini CLI:描述意图即可自动匹配技能
- Cursor:规则自动生效,无需手动操作
- 若使用 full-dev-脚手架-inspector:第一步执行
⚠️ Inspector CLI(仅 full-dev-脚手架-inspector 或单独部署 sam-dev-cc-init 时可用)。在本仓库(Claude_skill_pool)中测试:
# 方式1: 相对路径 (在项目根目录)
bash skills.claude/sam-dev-cc-init/.claude/scripts/inspector-cli.sh dashboard
# 方式2: 部署到实际项目后
# 先将 package/full-dev-脚手架-inspector/ 或 skills.claude/sam-dev-cc-init/.claude/ 复制到目标项目根目录
# 然后在目标项目中运行:
./.claude/scripts/inspector-cli.sh dashboard
🛠️ 开发指南
如果你需要让 Claude Code 帮你在这个仓库中创建新技能,请参考 CLAUDE.md 中的详细规范。
Claude Code 技能结构
skills.claude/[SkillName]/
└── .claude/
├── commands/[command].md # Slash Command 定义
├── skills/[skill].md # 核心 Prompt 和处理逻辑
├── agents/[agent].md # (可选) 多角色 Agent
└── settings.local.json # (可选) 局部配置
OpenAI Codex 技能结构
skills.codex/[skill-name]/
└── .codex/
└── skills/
└── [skill-name]/
├── SKILL.md # 核心 Skill 定义(含 YAML frontmatter)
└── agents/
└── openai.yaml # 接口配置(display_name / short_description / default_prompt)
Gemini CLI 技能结构
skills.gemini/[skill-name]/
└── SKILL.md # 核心 Skill 定义(含 YAML frontmatter)
部署时复制到目标项目的 .gemini/skills/[skill-name]/SKILL.md。
Skill 元数据规范(SKILL.md frontmatter)
所有平台的 SKILL.md 统一使用 YAML frontmatter,便于发现与索引:
- name(必填):小写字母与连字符,与目录名一致,如
api-first-modular、code-debugger。 - description(必填):第三人称、一句话说明「做什么 + 何时使用」;可含触发场景关键词,便于 Agent 匹配。
示例:
---
name: code-debugger
description: 基于深度上下文的智能代码调试与增量开发。用于 Bug 定位与修复、增量功能开发、技术栈 Checkfix 闭环及 .debug 文档维护。
---
目录命名与技能池保持一致:skills.claude/、skills.codex/、skills.gemini/ 下均使用英文小写+连字符(如 research-analyst-system),避免中文或空格。
Cursor 规则结构
.cursor/
└── rules/
└── [rule-name].mdc # Cursor Rule 定义(含 frontmatter: description, globs, alwaysApply)
📦 现有技能列表
编程与开发
| 技能名称 | Claude | Codex | Gemini | 描述 |
|---|---|---|---|---|
| PDCA 工作流初始化 (sam-dev-cc-init) | /sam-init | — | — | 为项目一键初始化 CLAUDE.md、PROGRESS-LOG.md、tasks/TASKS.md、self.opt(项目级自优化) |
| 编程策略工具 (ai-spec) | /ai-spec | $ai-spec | ✓ | 全栈架构师模式,将自然语言需求转化为生产级技术规范和 AI 执行指令 |
| API-First 模块化 (api-first-modular) | /api-first | $api-first-modular | ✓ | 后端功能封装为独立 API 包,前端只调 API,跨层任务按 API 边界自动分解 |
| 智能调试助手 (code-debugger) | /debug | $code-debugger | ✓ | 基于深度上下文理解的精准调试与增量开发,模块隔离防止连锁错误 |
| UI 设计师 (debug-ui) | /debug-ui | $debug-ui | ✓ | 顶级 UI 设计师模式,六维视觉诊断 + 像素级代码实施,与 debug 共享 .debug/ 文档 |
| PRD 生成器 (prd) | /prd | — | ✓ | 交互式生成结构化产品需求文档 |
| Ralph 工作流 (ralph) | /ralph | $ralph | ✓ | 基于 PRD 的自主 Agent 循环,逐个实现 User Story 并自动提交 |
| Ralph YOLO (ralph-yolo) | /ralph-yolo | — | ✓ | Ralph 全自动模式,无人值守 |
科研与文献
| 技能名称 | Claude | Codex | Gemini | 描述 |
|---|---|---|---|---|
| Dr. Midas (dr-midas) | /midas | $dr-midas | ✓ | 科研炼金术士,分析科研图表并结合 PubMed 文献生成深度科研叙事 |
| PubMed Linker | /update-pubmed-links | $pubmed-linker | ✓ | 自动查询并更新参考文献的 PubMed 链接、PMID、DOI |
| 论文投稿管理 (paper-submission-manager) | /paper-submission-manager | $paper-submission-manager | ✓ | 论文投稿全流程管理:清单、QA、材料打包与提交追踪 |
研究与分析
| 技能名称 | Claude | Codex | Gemini | 描述 |
|---|---|---|---|---|
| 思路抽提 (extract) | /extract | $extract | ✓ | 从深度研究文档中反向提取可复用的研究方法论框架和 Prompt 模板 |
| 金融分析师团队 (research-analyst-system) | /research | $research-analyst-system | ✓ | 首席分析师 + 6 大研究小组并行深度调研,输出结构化投资报告 |
脚手架
| 名称 | 包含工具 | 描述 |
|---|---|---|
| 全栈开发脚手架 (full-dev) | Claude + Codex + Gemini + Cursor | 仅开发能力:一键部署 ai-spec、api-first、debug、debug-ui、prd、ralph、ralph-yolo 等,7 commands + 5 Codex + 7 Gemini + 2 Cursor rules,无 PDCA/Inspector |
| 全栈开发 + Inspector 脚手架 (full-dev-inspector) | Claude + Codex + Gemini + Cursor | 在 full-dev 基础上增加 PDCA 工作流:/sam-init、sam-dev-cc-init、PROGRESS-LOG、tasks、self.opt;适合需要入职看板与专家周期管理的项目,详见 docs/inspector/ |
致谢
Inspector 相关设计与能力来源于 @samqin123 的贡献,特此感谢。
