Agent Skill
2/7/2026

pubmed-linker

This skill should be used when the user asks to "update PubMed links", "check reference links", "find PubMed URLs", "download fulltext papers", or discusses PubMed/Medline literature search and reference management. Provides systematic approach for querying PubMed database and updating reference lists with accurate links.

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hhx465453939
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SKILL.md

Namepubmed-linker
DescriptionThis skill should be used when the user asks to "update PubMed links", "check reference links", "find PubMed URLs", "download fulltext papers", or discusses PubMed/Medline literature search and reference management. Provides systematic approach for querying PubMed database and updating reference lists with accurate links.
<div align="center"> <img src="assets/logo.png" alt="AI Skills Pool" width="128"> </div>

AI Skills Pool

这是一个个人 AI 编程工具技能(Skills)和配置的集合仓库。旨在模块化管理不同的 AI 辅助能力,方便按需部署到不同的开发项目中。

目前支持四个平台:Claude Codeskills.claude/)、OpenAI Codexskills.codex/)、Gemini CLIskills.gemini/)和 Cursor.cursor/rules/)。


📁 目录结构

.
├── LICENSE
├── README.md
├── CLAUDE.md                    # Claude Code 开发规范元文档(本仓库自身)
├── docs/                         # 参考文档(不参与脚手架执行)
│   └── inspector/                # Inspector 设计与场景说明
│       ├── INSPECTOR-CROSS-PLATFORM.md
│       ├── INSPECTOR-SCENARIO-WALKTHROUGH.md
│       └── README.md
│
├── skills.claude/               # Claude Code 技能池(单技能独立部署)
│   ├── ai-spec/                 # [编程策略] 将需求转为技术规范
│   ├── api-first-modular/       # [架构框架] API-First 模块化开发
│   ├── code-debugger/           # [调试开发] 上下文优先的精准调试与增量开发
│   ├── debug-ui/                # [UI设计] 顶级 UI 设计师模式
│   ├── dr-midas/                # [科研] 科研炼金术士,图表分析与叙事
│   ├── extract/                 # [知识提取] 从内容抽提研究方法论框架
│   ├── paper-submission-manager/# [投稿管理] 论文投稿全流程管理与材料打包
│   ├── ralph/                   # [迭代开发] 基于 PRD 的自主 Agent 循环
│   ├── ref-pubmed-linker/       # [文献] PubMed 引用链接查询与更新(参考实现)
│   ├── research-analyst-system/ # [金融分析] 多 Agent 分析师团队
│   ├── sam-dev-cc-init/         # [工作流] PDCA 项目初始化(/sam-init)
│   └── update-pubmed-links/     # [文献] PubMed 链接批量更新(命令变体)
│
├── skills.codex/                # OpenAI Codex 技能池(单技能独立部署)
│   ├── ai-spec/                 # [编程策略] 将需求转为技术规范
│   ├── api-first-modular/       # [架构框架] API-First 模块化开发
│   ├── code-debugger/           # [调试开发] 上下文优先的精准调试与增量开发
│   ├── debug-ui/                # [UI设计] 顶级 UI 设计师模式
│   ├── dr-midas/                # [科研] 科研炼金术士,图表分析与叙事
│   ├── extract/                 # [知识提取] 从内容抽提研究方法论框架
│   ├── paper-submission-manager/# [投稿管理] 论文投稿全流程管理与材料打包
│   ├── pubmed-linker/           # [文献] PubMed 引用链接查询与更新
│   ├── ralph/                   # [迭代开发] 基于 PRD 的自主 Agent 循环
│   └── research-analyst-system/ # [金融分析] 多 Agent 分析师团队
│
├── skills.gemini/               # Gemini CLI 技能池(单技能独立部署)
│   ├── ai-spec/                 # [编程策略] 将需求转为技术规范
│   ├── api-first-modular/       # [架构框架] API-First 模块化开发
│   ├── code-debugger/           # [调试开发] 上下文优先的精准调试与增量开发
│   ├── debug-ui/                # [UI设计] 顶级 UI 设计师模式
│   ├── dr-midas/                # [科研] 科研炼金术士,图表分析与叙事
│   ├── extract/                 # [知识提取] 从内容抽提研究方法论框架
│   ├── paper-submission-manager/# [投稿管理] 论文投稿全流程管理与材料打包
│   ├── prd/                     # [需求文档] 结构化 PRD 生成
│   ├── pubmed-linker/           # [文献] PubMed 引用链接查询与更新
│   ├── ralph/                   # [迭代开发] 基于 PRD 的自主 Agent 循环
│   ├── ralph-yolo/              # [迭代开发] Ralph 全自动模式
│   └── research-analyst-system/ # [金融分析] 多 Agent 分析师团队
│
├── package/                     # 预打包的脚手架(多技能一体化部署)
│   ├── full-dev-脚手架/         # 全栈开发环境(仅开发技能,无 PDCA/Inspector)
│   │   ├── CLAUDE.md            # Claude Code 初始化引导
│   │   ├── AGENTS.md            # Codex 初始化引导
│   │   ├── GEMINI.md            # Gemini CLI 初始化引导
│   │   ├── .claude/             # Claude Code(7 commands + 7 skills + 3 agents)
│   │   ├── .codex/              # Codex 技能包(5 skills)
│   │   ├── .gemini/             # Gemini CLI 技能包(7 skills)
│   │   └── .cursor/             # Cursor 规则(2 rules)
│   └── full-dev-脚手架-inspector/ # 全栈开发 + PDCA/Inspector(含 /sam-init 与入职看板)
│       ├── CLAUDE.md
│       ├── AGENTS.md
│       ├── GEMINI.md
│       ├── .claude/             # 在 full-dev 基础上增加 sam-init、sam-dev-cc-init 及 PDCA 模板
│       ├── .codex/
│       ├── .gemini/
│       └── .cursor/
│
└── .cursor/                     # 本仓库自身的 Cursor 规则
    └── rules/
        ├── api-first-development.mdc
        └── project-structure.mdc

📖 参考文档

以下文档仅作阅读与理解用,不参与脚手架或脚本执行:

  • docs/inspector/ — Inspector Agent 跨平台架构与场景演示(从入职到专家的完整周期)。部署了 sam-dev-cc-init 或使用 Inspector CLI 时,可在此查阅设计与用法说明。

🚀 使用方法

方式一:单技能部署(按需挑选)

适合只需要特定能力的场景。

Claude Code

  1. skills.claude/ 中找到需要的技能目录,例如 skills.claude/code-debugger/
  2. 将目录下的 .claude/ 文件夹完整复制到目标项目根目录。
    • 若项目已有 .claude/ 目录,合并 commands/skills/ 子目录(注意不要覆盖已有的 settings.json)。
  3. 重启 Claude Code 终端,使用对应的 slash command(如 /debug)激活。

OpenAI Codex

  1. skills.codex/ 中找到需要的技能目录,例如 skills.codex/code-debugger/
  2. 将目录下的 .codex/ 文件夹完整复制到目标项目根目录。
    • 若项目已有 .codex/ 目录,合并 skills/ 子目录。
  3. 在 Codex 中使用 $skill-name(如 $code-debugger)激活。

Gemini CLI

  1. skills.gemini/ 中找到需要的技能目录,例如 skills.gemini/code-debugger/
  2. 将目录下的 SKILL.md 文件复制到目标项目的 .gemini/skills/[skill-name]/ 目录。
    • 若目录不存在,创建 .gemini/skills/[skill-name]/ 后再复制。
  3. Gemini CLI 会根据任务描述自动匹配并触发对应技能。

方式二:脚手架一键部署(推荐全栈项目使用)

适合需要完整 AI 辅助开发环境的全栈项目,一次部署即可让 Claude Code、Codex、Gemini CLI、Cursor 四个工具同时获得全套开发能力。

两种脚手架如何选:

脚手架适用场景区别摘要
full-dev-脚手架只要「需求→规范→开发→调试」全流程,不需要项目级 PDCA 与看板仅开发技能:ai-spec、api-first、debug、debug-ui、prd、ralph 等,无 /sam-init
full-dev-脚手架-inspector需要 PDCA 循环、任务看板、进度日志与 Inspector 入职/专家周期管理在 full-dev 基础上增加 /sam-init、sam-dev-cc-init、PROGRESS-LOG、tasks、self.opt 等,可与 docs/inspector/ 配合使用
  1. 将所选脚手架目录下的内容复制到目标项目根目录(下例以 full-dev-脚手架 为例,若选 inspector 则替换为 full-dev-脚手架-inspector):

    # 方法一:完全替换(推荐新项目)
    cp -r package/full-dev-脚手架/* /path/to/your-project/
    cp -r package/full-dev-脚手架/.[a-z]* /path/to/your-project/
    
    # 方法二:增量合并(推荐有存量代码的项目)
    # 复制文档
    cp package/full-dev-脚手架/{CLAUDE,AGENTS,GEMINI}.md /path/to/your-project/
    
    # 创建并复制配置目录内容
    mkdir -p /path/to/your-project/.claude
    cp -r package/full-dev-脚手架/.claude/* /path/to/your-project/.claude/
    
    mkdir -p /path/to/your-project/.codex
    cp -r package/full-dev-脚手架/.codex/* /path/to/your-project/.codex/
    
    mkdir -p /path/to/your-project/.gemini
    cp -r package/full-dev-脚手架/.gemini/* /path/to/your-project/.gemini/
    
    mkdir -p /path/to/your-project/.cursor
    cp -r package/full-dev-脚手架/.cursor/* /path/to/your-project/.cursor/
    
  2. 部署后目标项目的结构(若使用 full-dev-脚手架-inspector 还会多出 /sam-init 及 PDCA 相关能力):

    your-project/
    ├── CLAUDE.md        ← Claude Code 读取,显示可用 commands 和核心规范
    ├── AGENTS.md        ← Codex 读取,显示可用 skills 和核心约束
    ├── GEMINI.md        ← Gemini CLI 读取,显示可用 skills 和使用方式
    ├── .claude/         ← Claude Code:/ai-spec, /api-first, /debug, /debug-ui, /prd, /ralph, /ralph-yolo(inspector 版另有 /sam-init)
    ├── .codex/          ← Codex:$ai-spec, $api-first-modular, $code-debugger, $debug-ui, $ralph
    ├── .gemini/         ← Gemini CLI:ai-spec, api-first-modular, code-debugger, debug-ui, prd, ralph, ralph-yolo
    ├── .cursor/         ← Cursor:API-First 开发规则自动生效
    └── (your code...)
    
  3. 打开项目后:

    • 若使用 full-dev-脚手架-inspector:第一步执行 /sam-init 初始化 PDCA 工作流(生成/更新 CLAUDE.md、PROGRESS-LOG.md、tasks/TASKS.md、self.opt)。
    • Claude Code:输入 / 查看所有可用命令
    • Codex:自动根据任务触发对应技能,或使用 $skill-name 手动触发
    • Gemini CLI:描述意图即可自动匹配技能
    • Cursor:规则自动生效,无需手动操作

⚠️ Inspector CLI(仅 full-dev-脚手架-inspector 或单独部署 sam-dev-cc-init 时可用)。在本仓库(Claude_skill_pool)中测试:

# 方式1: 相对路径 (在项目根目录)
bash skills.claude/sam-dev-cc-init/.claude/scripts/inspector-cli.sh dashboard

# 方式2: 部署到实际项目后
# 先将 package/full-dev-脚手架-inspector/ 或 skills.claude/sam-dev-cc-init/.claude/ 复制到目标项目根目录
# 然后在目标项目中运行:
./.claude/scripts/inspector-cli.sh dashboard

🛠️ 开发指南

如果你需要让 Claude Code 帮你在这个仓库中创建新技能,请参考 CLAUDE.md 中的详细规范。

Claude Code 技能结构

skills.claude/[SkillName]/
└── .claude/
    ├── commands/[command].md    # Slash Command 定义
    ├── skills/[skill].md        # 核心 Prompt 和处理逻辑
    ├── agents/[agent].md        # (可选) 多角色 Agent
    └── settings.local.json      # (可选) 局部配置

OpenAI Codex 技能结构

skills.codex/[skill-name]/
└── .codex/
    └── skills/
        └── [skill-name]/
            ├── SKILL.md              # 核心 Skill 定义(含 YAML frontmatter)
            └── agents/
                └── openai.yaml       # 接口配置(display_name / short_description / default_prompt)

Gemini CLI 技能结构

skills.gemini/[skill-name]/
└── SKILL.md                          # 核心 Skill 定义(含 YAML frontmatter)

部署时复制到目标项目的 .gemini/skills/[skill-name]/SKILL.md

Skill 元数据规范(SKILL.md frontmatter)

所有平台的 SKILL.md 统一使用 YAML frontmatter,便于发现与索引:

  • name(必填):小写字母与连字符,与目录名一致,如 api-first-modularcode-debugger
  • description(必填):第三人称、一句话说明「做什么 + 何时使用」;可含触发场景关键词,便于 Agent 匹配。

示例:

---
name: code-debugger
description: 基于深度上下文的智能代码调试与增量开发。用于 Bug 定位与修复、增量功能开发、技术栈 Checkfix 闭环及 .debug 文档维护。
---

目录命名与技能池保持一致:skills.claude/skills.codex/skills.gemini/ 下均使用英文小写+连字符(如 research-analyst-system),避免中文或空格。

Cursor 规则结构

.cursor/
└── rules/
    └── [rule-name].mdc              # Cursor Rule 定义(含 frontmatter: description, globs, alwaysApply)

📦 现有技能列表

编程与开发

技能名称ClaudeCodexGemini描述
PDCA 工作流初始化 (sam-dev-cc-init)/sam-init为项目一键初始化 CLAUDE.md、PROGRESS-LOG.md、tasks/TASKS.md、self.opt(项目级自优化)
编程策略工具 (ai-spec)/ai-spec$ai-spec全栈架构师模式,将自然语言需求转化为生产级技术规范和 AI 执行指令
API-First 模块化 (api-first-modular)/api-first$api-first-modular后端功能封装为独立 API 包,前端只调 API,跨层任务按 API 边界自动分解
智能调试助手 (code-debugger)/debug$code-debugger基于深度上下文理解的精准调试与增量开发,模块隔离防止连锁错误
UI 设计师 (debug-ui)/debug-ui$debug-ui顶级 UI 设计师模式,六维视觉诊断 + 像素级代码实施,与 debug 共享 .debug/ 文档
PRD 生成器 (prd)/prd交互式生成结构化产品需求文档
Ralph 工作流 (ralph)/ralph$ralph基于 PRD 的自主 Agent 循环,逐个实现 User Story 并自动提交
Ralph YOLO (ralph-yolo)/ralph-yoloRalph 全自动模式,无人值守

科研与文献

技能名称ClaudeCodexGemini描述
Dr. Midas (dr-midas)/midas$dr-midas科研炼金术士,分析科研图表并结合 PubMed 文献生成深度科研叙事
PubMed Linker/update-pubmed-links$pubmed-linker自动查询并更新参考文献的 PubMed 链接、PMID、DOI
论文投稿管理 (paper-submission-manager)/paper-submission-manager$paper-submission-manager论文投稿全流程管理:清单、QA、材料打包与提交追踪

研究与分析

技能名称ClaudeCodexGemini描述
思路抽提 (extract)/extract$extract从深度研究文档中反向提取可复用的研究方法论框架和 Prompt 模板
金融分析师团队 (research-analyst-system)/research$research-analyst-system首席分析师 + 6 大研究小组并行深度调研,输出结构化投资报告

脚手架

名称包含工具描述
全栈开发脚手架 (full-dev)Claude + Codex + Gemini + Cursor仅开发能力:一键部署 ai-spec、api-first、debug、debug-ui、prd、ralph、ralph-yolo 等,7 commands + 5 Codex + 7 Gemini + 2 Cursor rules, PDCA/Inspector
全栈开发 + Inspector 脚手架 (full-dev-inspector)Claude + Codex + Gemini + Cursor在 full-dev 基础上增加 PDCA 工作流/sam-init、sam-dev-cc-init、PROGRESS-LOG、tasks、self.opt;适合需要入职看板与专家周期管理的项目,详见 docs/inspector/

致谢

Inspector 相关设计与能力来源于 @samqin123 的贡献,特此感谢。

@samqin123

Skills Info
Original Name:pubmed-linkerAuthor:hhx465453939